アゴニスト・DDS・細胞内取り込み等の新規アプタマー技術

「近年は大規模言語モデルを活用した結合活性予測技術「RaptScore」を確立し、任意配列の評価や最適化を可能としています。」「当社は、アプタマーの高い標的結合能を活用し、LNP表面に修飾することで送達指向性を付与したDDS技術を開発いたしました。」

「大規模言語モデルを用いたアプタマーの結合活性予測手法の開発に成功し、日本国特許庁に対して、2025年３月に共同で特許出願をいたしました。」「当社では、標的に対する高い結合活性と化学修飾が容易であるというアプタマーの利点を活かして、LNPの表面に標的指向性アプタマーを結合させることで、LNPのみでは送達が困難である脳などの組織への核酸医薬の送達を可能にするDDS技術の開発に成功いたしました。」「なお、本取り組み及び成果については、2025年６月に特許出願をするとともに、日本核酸医薬学会第10回年会にて口頭発表に採択され、成果報告を実施しております。」

「本事業は初期仮説検証フェーズと本格研究フェーズから構成されており、中間時点において約半数のプロジェクトを打切りとするステージゲート審査が設けられておりますが、2024年９月にステージゲート審査を通過し、本格研究フェーズへ移行しております。」

「当社の検討において、アプタマーとPEOZとのコンジュゲートを作成することにより、現在汎用しているPEGを上回る血中半減期延長効果を示すことが明らかになったため、特許出願するに至りました。」

「次世代型アプタマー医薬品に関する技術開発を目的として、ポリエチレングリコール（以下、「PEG」）の代替技術を研究開発しております。PEGは粘性が高く、過酸化物を生成する等、化学的性質に課題があることがわかっており、この課題を解決するため、味の素株式会社との共同研究契約を2023年10月に締結いたしました。」

「DDSアプタマープロジェクトの一環として、リボミックの所有するアプタマーの光免疫療法への応用可能性を検討するために学校法人慈恵大学との共同研究契約を2023年９月に締結いたしました。」

「さらに、2023年度から2025年度の予定で、国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）が実施する「量子・AIハイブリッド技術のサイバー・フィジカル開発事業」において、当社と産業技術総合研究所ならびに早稲田大学を実施予定先とする研究課題「量子・AI次世代創薬」が採択されました。本研究課題では、RNAアプタマーの最適化を題材として、量子計算技術と人工知能を組み合わせた”量子・AIハイブリッド技術”の活用により、従来技術では達成困難な医薬品創生プラットフォームの確立を目指します。」

「当社では、RaptRanker及びRaptGenを含むRiboARTシステムをさらに発展させると共に、今後は、RiboARTシステムを用いて、ドラッグデリバリーシステム（DDS）用のアプタマー開発に取り組んでまいります。DDSとして利用可能なアプタマーを取得するための期間は１年から２年単位と短いため、アプタマーを取得後は、迅速に特許出願を行うと共に、大手製薬企業を含む様々な企業に提供することで、基礎段階より早期に収益をあげていきたいと考えております。」

「「④新規技術開発費用（製剤化技術開発・導入他）」についての研究開発活動を進めておりますが、RBM-007の臨床開発を優先的に進めているため、支出予定時期が後倒しになっております。」

「こちらの研究におきましては、変分オートエンコーダを応用した革新的な配列生成技術であるRaptGenを新たに開発しました。RaptGenを用いてSELEXで得られた多数の標的結合アプタマーの配列を解析することにより、もともとのSELEXデータに含まれていない、前記標的に強く結合する新規のアプタマー配列の生成も可能となりました。RaptGenについては、2022年6月3日にNature Computational Scienceのオンライン版に掲載されております。」

「また、難しい創薬標的である膜受容体GPCRに対する汎用的なアプタマー創製法の開発を、AMEDの支援のもと、東京大学医科学研究所と共同して進めてきましたが、その研究成果が米国科学アカデミー紀要（2021年４月）に掲載されました。今後のGPCR創薬にあらたな道を拓くものと期待しております。」

「さらに、2021年３月、本事業が「AI アプタマー創薬プロジェクト」としてJSTに採択され、2021年４月から３年間、早稲田大学と共同で、当社が手掛ける RNA アプタマーの創薬のプロセスを、深層学習などの人工知能技術を活用することで自動化し、創薬期間の短縮及び創薬成功率の向上を実現させることを目指し、研究を進めてまいります。」

「今後は人工知能（AI）を利用したアプタマー探索技術の開発を進めていく予定です。」

「2018年度から開始されたJST委託事業においては、早稲田大学と共同し、バイオインフォマティクスを駆使したアプタマー探索技術（RaptRanker）を開発いたしました。RaptRankerを用いることにより、「従来の解析技術より精度の高いアプタマー選定」、「アプタマーの機能発揮に必要なモチーフ構造の予測」が可能になり、これらの成果は当社のアプタマー創薬プロセスを効率化し、創薬期間の短縮及び成功率の向上につながるものとなります。また、これらの成果は2020年６月に専門学術誌（Nucleic Acids Research）に掲載されました。今後は人工知能（AI）を利用したアプタマー探索技術の開発を進めていく予定です。」

「アプタマー医薬品の汎用性をさらに活かすため、GPCR（Gタンパク質共役型７回膜貫通型受容体）を標的とするアプタマー創薬や、コンピューター科学を応用した技術開発（JST委託事業）等を継続して進めております。」

「また当社は、アプタマー医薬品の汎用性をさらに活かすため、GPCR（Gタンパク質共役型７回膜貫通型受容体）を標的とするアプタマー創薬や、コンピュータ科学を応用した技術開発（JST委託事業）等を継続して進めております。」

「前者については、2016年９月に、「GPCRを標的とするRNAアプタマー創薬基盤技術の開発」がAMEDによる創薬基盤推進研究事業に採択され、2018年度末まで、本助成事業を東京大学医科学研究所と共同で実施して、高い評価を獲得することができました。また、後者については、2018年９月に、「人工知能（AI）技術を用いた革新的アプタマー創薬システムの開発」が国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)戦略的創造研究推進事業CREST研究に採択され、2020年度末までの期間、本助成事業を早稲田大学並びに東京大学医科学研究所と共同で進めてまいります。」

「なお後者については、国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）が公募した戦略的創造研究推進事業CREST研究領域に、当社事業として「人工知能技術を用いた革新的アプタマー創薬システムの開発」を提案したころ、第２四半期会計期間においてこれが採択されました。本事業は、バイオインフォマティクスと人工知能研究に多くの実績を有する早稲田大学の浜田道昭教授と共同で、当社が手掛けるRNAアプタマーの創薬のプロセスを、深層学習などの人工知能技術を活用することで自動化し、創薬期間の短縮及び創薬成功率の向上を実現させることを目指すものです。本事業の期間は、2018年度から2020年度で、2018年度に受け取る委託研究開発費は6.5百万円です（期間および金額は予定）。」

「また当社は、アプタマー医薬品の汎用性をさらに活かすため、GPCR（Gタンパク質共役型７回膜貫通型受容体）を標的とするアプタマー創薬（AMED委託事業）や、コンピュータ科学を応用した技術開発等を継続して進めております。」

「５）脳関門通過技術の開発と神経疾患治療への応用」

「さらに、アプタマー創薬の新規技術の開発に向けて、糖質科学のプロフェッショナルである生化学工業株式会社と共同研究契約を締結いたしました。本共同研究契約では、当社が知る限り世界初の取り組みとして、糖質科学を利用したアプタマー医薬品の活性、安定性や安全性を向上させる新技術を開発してまいります。」

「具体的には、アプタマー創製の新技術の開発、次世代シークエンサーとコンピュータ科学を利用したアプタマー探索の人工知能技術の開発、アゴニスト・アプタマー（受容体作動薬）や細胞内への取り込み可能なアプタマー、細胞膜貫通型のタンパク質と結合するアプタマーなどの創製に繋がる技術を目標に、これまでに培った技術のさらなる発展、向上を図ってまいります。」

「これについて本年９月30日に、「GPCRを標的とするRNAアプタマー創薬基盤技術の開発」がAMEDによる創薬基盤推進研究事業に採択されました。これにより、当事業年度においてAMEDから受け取る委託研究費は税込みで35百万円となります。」

「当社は、現在の技術的優位性に安住することなく、５年先、10年先の技術動向を見据え、新たなSELEX法や、抗体で難しいとされる受容体に直接作用するアゴニスト・アプタマー（受容体作動薬）、さらに細胞内に他の医薬を運搬するためのDDSに利用可能なアプタマー等の実現を目指しております。」