2001年9月21日に、農水省が日本で初めてBSEの疑い牛を認定し、翌日には疑いが確定した。政府は同年10月から全頭検査を開始し、肉骨粉の製造・販売を禁止、流通履歴のデータベース化を進めた。
2001年9月21日、日本で初めてBSE(牛海綿状脳症)の疑い牛が発見され、同日中に疑いが確定したことが公表された。BSEは牛の脳に海綿状の空洞が生じる感染症であり、ヒトへの伝播が懸念されたが、当時は治療法が確立していなかった。政府はこの年のうちに対応を強化する方針を示した。
政府は同年10月に食用牛の全頭検査を開始し、肉骨粉の製造・販売を禁止した。2003年には米国でカナダ産牛のBSEが確認され、日本は米国産牛肉・牛肉製品の輸入を停止するなど対策を徹底した。これにより牛肉の安全性確保を図る姿勢が示された。
日本では以降、食用牛1頭ずつに個体識別番号を割り当てデータベース化。生産者から解体業者、小売・外食までの流通履歴を追跡できる仕組みを整備した結果、口に入るまでの透明性を高めた。
この時点での公表以降、日本国内でBSEの感染患者は確認されていない。なお、2001年9月21日の日経平均株価の終値は9,554円99銭だった。