# ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ（6090） FY2025 有価証券報告書

Source: Komori (komori.app) — https://komori.app/company/6090/filing/2025-fy
提出日: 2026-09-17
対象期間: 2025-07-01 〜 2026-06-30
企業ページ: https://komori.app/company/6090
原本（EDINET）: https://disclosure2dl.edinet-fsa.go.jp/searchdocument/pdf/S100Z2EI.pdf

## 要点

当連結会計年度（2025年7月1日〜2026年6月30日）の有価証券報告書が提出され、売上高・利益は前期比で減少し、単一セグメント（メタボローム解析受託サービス事業）へと報告セグメントを変更した旨などが記載されています。また、鶴岡本社の解析用分析装置等や東京事務所のITシステム等の設備投資計画、並びに自己株式の取得・期末配当の実施等が記載されています。

## 事業

当社グループは、慶應義塾大学発ベンチャーとして設立され、生体内の代謝成分を網羅的に測定するメタボローム解析技術をコアに、医薬品開発・疾病診断・食品開発等の研究開発支援を行うとともに、バイオ解析プラットフォーマーとして研究開発から生産効率化・品質保証・検査までを支えるソリューションを提供する事業を展開しています。欧米市場に販売子会社を持ち、CE-MS法を中核とする独自技術とノウハウを活用したライフサイエンス研究支援サービス（LSS）、機能性素材開発支援サービス（FDS）、バイオものづくり支援サービス（BMS）を提供する三領域のサービスを組み合わせ、顧客の研究開発を支援しています。デジタルバイオ時代のAI活用による生産性向上にも取り組み、事業領域の拡張と生産性向上を通じて企業価値の向上を目指しています。

## 数字

- 研究開発費: 1億円
- 設備投資: 91百万円
- フリーキャッシュフロー: 1億円
- 従業員数: 65人

## セグメント

- メタボローム解析受託サービス事業 / 売上高 14億円 / 営業利益 2億円

## 地域別

- 日本 / 売上高 13億円
- その他 / 売上高 59百万円
- アジア太平洋 / 売上高 20百万円

## 前回からの変化

### サプライチェーン

提出書類（2026-09-17）に基づき、(1)試薬キット投入、(2)外部共同研究・業務委受託契約（弘前大／フェルメクテス／AIREX／慶應義塾）、(3)鶴岡本社研究所の継続言及と解析装置新設計画、(4)HMT Americaの継続言及、(5)KEIO Master Handsライセンス継続言及、(6)東京事務所のITシステム新設計画、の差分を反映。

- + 試薬キット
- + 弘前大共同研究
- + フェルメクテス提携
- + AIREX独占提供
- + 慶應測定相互利用

### 戦略的賭け

提出書類（2026-09-17）では、新規にヘルスケア検査受託サービスの開始計画、鶴岡本社解析用分析装置および東京事務所ITシステムの新設投資、KEIO Master Handsのライセンス取扱、2027年6月期からの株式報酬制度導入が明示された。また既存の研究開発重点（ハイスループット解析等）、フェルメクテスとの資本業務提携、皮膚ガス測定サービス、機能性素材開発支援（FDS）、セグメント単一化、ならびに生産性向上施策について言及があった。

- + ヘルスケア検査受託サービス開始計画
- + 鶴岡本社解析用分析装置等の新設投資
- + 東京事務所ITシステム等の新設投資
- + KEIO Master Handsライセンス取扱
- + 従業員向け株式報酬制度の導入

### 外部エクスポージャー

本提出書類において、既存の地政学リスク（米国通商政策・中東情勢）、為替リスク、慶應義塾との共同研究・ライセンス関係、エムスリーとの資本・業務提携、Agilent/味の素との提携関係について言及を追記。あわせて、AI普及による研究開発需要減少等の需要変動リスク、弘前大学・フェルメクテス・AIREXとの契約関係、米国販売子会社、ならびに小規模組織の人材流出・鶴岡本社の災害・顧客情報の情報漏洩リスクを新規追加。

- + AI普及による研究需要減少
- + 小規模組織による人材流出リスク
- + 鶴岡本社の災害リスク
- + 顧客情報の情報漏洩リスク
- + 弘前大学との予測モデル共同研究
- + フェルメクテスとの増資・共同研究
- + AIREXの皮膚ガス測定独占提供
- + HMTアメリカ販売子会社

### 製品

当該書類で、既存の中核サービスであるライフサイエンス研究支援サービス、機能性素材開発支援サービス、バイオものづくり支援サービスの売上実績が再掲・更新された。また、新規事業としてヘルスケア検査受託サービス（2027年6月期開始計画）が明示された。加えて、KEIO Master Handsライセンスとヒト皮膚ガス測定サービス（独占提供契約）の継続が再言及され、CE-MS法を中核とするLSS文脈の言及も確認できた。

- + ヘルスケア検査受託サービス

### 技術

本提出書類（2026-09-17）で、既存の「CE-MS中心のメタボロミクス解析技術」「KEIO Master Hands解析ソフトウェア」「品質管理・情報セキュリティ管理強化」「CE-MS横断の解析・データ処理プラットフォーム技術」に言及があった。加えて、研究開発重点分野として「ハイスループット解析技術」「代謝シミュレーションの精度向上」「DIA対応のマルチオミクス解析技術」「ライブラリーフリーアノテーション技術」「超高感度分析へのアップグレード」「AI活用による生産性向上の開発」が新たに具体化されているため、該当する技術を新規追加した。

- + ハイスループット解析技術
- + 代謝シミュレーション精度向上
- + DIA対応マルチオミクス解析
- + ライブラリーフリーアノテーション技術
- + 超高感度分析アップグレード
- + AIによる解析生産性向上

### 資本配分

本社解析用分析装置の新規投資計画が着手段階として更新され、東京事務所のITシステム新設投資とR&D重点分野投資、KEIO Master Handsライセンス、期末配当（18円）を新規追加。あわせてフェルメクテスとの資本業務提携、配当・自己株式取得（終了明記）、短期借入金・リース債務に関する既存エントリへ追記した。

- + 東京事務所のITシステム新設
- + 重点分野の研究開発投資
- + KEIO Master Handsライセンス
- − 自己株式取得の実施
- − 自己株式取得の実施

### ケイパビリティ構築

最新提出書類（2026-09-17）では、既存の提携・ライセンス・相互利用契約（エムスリー、慶應義塾、AIREX、弘前大学、KEIO Master Hands等）への言及が継続しており、併せて新たな資本業務提携（フェルメクテス）と従業員向け譲渡制限付き株式付与制度、設備投資による能力拡張計画（鶴岡本社分析装置、東京ITシステム）が新規に追加された。

- + フェルメクテス資本業務提携
- + 鶴岡本社解析用分析装置新設
- + 東京事務所ITシステム新設
- + 譲渡制限付き株式付与制度

### 規制ポジショニング

本書類により、監査等委員会設置会社としてのガバナンス体制、内部監査室と内部統制・リスクマネジメント体制、サステナビリティ方針が再言及された。加えて、監査法人として新創監査法人の継続監査期間6年間等の監査体制情報が新規に記載された。

- + 新創監査法人の継続監査

## 会社自身の言葉

### 事業・サービス提供（売上実績/新規事業/コア技術）

- 「メタボローム解析受託サービス事業（LSS）: 930,832千円（前年同期比18.6%減、2026年実績）」 — メタボローム解析受託サービス（LSS）に関する売上実績（当期値、前年同期比）
- 「機能性素材開発支援サービス（FDS）: 363,885千円（前年同期比16.6%増、2026年実績）」 — 機能性素材開発支援サービス（FDS）の売上実績（当期値、前年同期比）
- 「バイオものづくり支援サービス（BMS）: 127,226千円（新規事業開始以降の受注、2025年7月～2026年6月の実績）」 — バイオものづくり支援サービス（BMS）の受注実績（新規事業開始以降）
- 「ヘルスケア検査受託サービス（新規事業）を2027年6月期に開始する計画。北米を中心としたヘルスデータ測定・解析の拡大を視野に入れ、デジタルバイオ時代の市場機会を捉える方針。」 — ヘルスケア検査受託サービスの開始計画（新規事業、2027年6月期）
- 「ヘルスケア検査受託サービス（新規事業、2027年6月期計画、研究開発領域以外の事業へ拡大予定）」 — ヘルスケア検査受託サービスの位置づけ（研究開発領域以外へ拡大予定）
- 「CE-MS法（Capillary Electrophoresis–Mass Spectrometry）を中核技術として、代謝物の網羅的解析を実施。CE-MS法を用いた代謝物の網羅的解析に基づく受託解析サービスを提供。」 — CE-MS法を中核技術とする受託解析サービスの提供内容
- 「報告セグメントは「メタボローム解析受託サービス事業」へ単一化。売上高は1,421,944千円（2026年6月末, 円換算で1,421,944,000円）、営業利益は209,911千円（円換算で209,911,000円）。」 — 報告セグメントの単一化（メタボローム解析受託サービス事業）と当期の主要数値
- 「CE-MS法を中核とする独自技術とノウハウを活用したライフサイエンス研究支援サービス（LSS）」 — CE-MS法を中核とするライフサイエンス研究支援サービス（LSS）の説明

### 研究開発投資・技術重点分野（開発内容）

- 「研究開発投資は125,109千円。重点分野はハイスループット解析技術の開発、代謝シミュレーションの精度向上、DIA対応のマルチオミクス解析技術、ライブラリーフリーアノテーション技術の開発、AI活用による生産性向上の開発など。」 — 研究開発費の内容と重点分野（解析技術/DIA/ライブラリーフリー/AI等）
- 「重点分野はハイスループット解析技術の開発、代謝シミュレーションの精度向上、DIA対応のマルチオミクス解析技術、ライブラリーフリーアノテーション技術の開発、AI活用による生産性向上の開発など。」 — 重点分野の列挙（ハイスループット、代謝シミュレーション精度向上等）
- 「超高感度分析へのアップグレード、デジタルバイオ時代の分析プラットフォームの強化、AI活用による生産性向上、ライブラリーフリーアノテーション技術の開発」 — 技術方針としての超高感度分析/データ基盤強化/AI生産性向上/ライブラリーフリー開発

### 契約・提携・共同研究（主要な相手先/内容）

- 「国立大学法人弘前大学、日本共同研究契約」 — 弘前大学との共同研究契約（概要）
- 「慶應義塾、共同研究及び成果の相互利用、締結日2007年8月8日、契約期間2026年4月1日～2028年3月31日、年間400万円を支出、測定機器等の相互利用」 — 慶應義塾との共同研究および成果相互利用・機器相互利用（契約条件と支出額）
- 「当社とフェルメクテス株式会社、日本資本業務提携契約、締結日2024年9月11日～期間の定めなし、第三者割当増資を引受、同社のバイオものづくりの製造原価低減の共同研究開発」 — フェルメクテスとの資本業務提携（契約概要と共同研究開発）
- 「フェルメクテス株式会社、日本資本業務提携契約」 — フェルメクテスとの資本業務提携の言及（契約関係の要約）
- 「AIREX株式会社、日本業務委受託基本契約」 — AIREX株式会社との業務委受託基本契約（概要）
- 「当社とAIREX株式会社、日本業務委受託基本契約、締結日2022年5月17日～2027年6月30日、ヒト皮膚ガス測定サービスを独占的に提供」 — AIREXとの契約内容（独占的にヒト皮膚ガス測定サービス提供）
- 「慶應義塾、共同研究及び成果の相互利用」 — 慶應義塾との共同研究および成果相互利用の記載
- 「エムスリー株式会社との資本及び業務提携契約（2016年5月24日～、期間の定めなし）」 — エムスリー株式会社との資本及び業務提携（契約開始と期間）
- 「エムスリー株式会社との資本及び業務提携契約（2016年5月24日～、期間の定めなし） 等の協力関係。」 — エムスリーとの協力関係の言及
- 「Human Metabolome Technologies America, Inc.」 — 連結子会社（Human Metabolome Technologies America, Inc.）の記載
- 「2012年10月: 米国販売子会社 Human Metabolome Technologies America, Inc. を設立」 — 米国販売子会社Human Metabolome Technologies America, Inc.の設立
- 「2005年6月: Agilent Technologies, Inc.とメタボロミクスソリューション共同開発に向け提携。 本社を山形県鶴岡市覚岸寺字水上246番地2へ移転」 — Agilentとの共同開発に向けた提携と、鶴岡本社への移転
- 「2004年6月: 味の素株式会社と共同研究契約を締結」 — 味の素との共同研究契約の締結

### ガバナンス・リスク・制度/体制・投資（管理/運用）

- 「2026年8月26日付で自己株式取得終了」 — 自己株式取得が2026年8月26日付で終了
- 「監査法人の名称：新創監査法人、継続監査期間6年間。監査法人の評価・選定方針あり」 — 会計監査人（新創監査法人）と継続監査期間、選定・評価方針の記載
- 「東京事務所（東京都中央区）: ITシステム等 34,640千円、自己資金、着手2025年7月、完成2026年11月」 — 東京事務所のITシステム等に関する設備投資計画
- 「2026年6月期: 1株あたり18円配当、配当総額97,556千円」 — 2026年6月期の1株当たり配当（配当総額含む）
- 「福利厚生: 福利厚生の拡充、従業員向け譲渡制限付き株式付与制度の導入（2027年6月期から）」 — 従業員向け譲渡制限付き株式付与制度の導入（福利厚生の拡充）
- 「ガバナンス体制は、会社法に基づく監査等委員会設置会社。取締役会は原則月1回以上、監査等委員会は月1回、社外取締役3名を含む」 — 監査等委員会設置会社でのガバナンス体制（取締役会/監査等委員会/社外取締役）
- 「本社研究所（山形県鶴岡市）: 解析用分析装置等 102,623千円、自己資金、着手2026年7月、完成2027年6月」 — 本社研究所の解析用分析装置等に関する設備投資計画
- 「内部統制・リスクマネジメント体制の整備、内部監査室を設置」 — 内部統制・リスク管理体制と内部監査室の設置
- 「本社研究所（山形県鶴岡市）の解析用分析装置等の新設、投資額102,623千円、着手2026年7月、完成2027年6月、資金調達：自己資金」 — 本社研究所の解析用分析装置等の新設投資（投資額、着手/完成、資金調達）
- 「本社研究所（山形県鶴岡市覚岸寺字水上246番地2）」 — 本社研究所の所在地表記
- 「TIAD6中期経営計画での施策として、営業改革（潜在ニーズ創出型の営業型へ転換、データとAIの活用）、生産性向上の推進（AI導入・ロボット活用・業務平準化）、多角的なAI導入、鶴岡本社ラボのキャパシティ拡大などを掲げています。」 — TIAD6中期経営計画における施策（営業改革・生産性向上・AI導入等）
- 「東京事務所のITシステム等の新設」 — 東京事務所のITシステム等の新設
- 「有利子負債: 短期借入金100,000千円、リース債務3,877千円（2026年6月末現在）、リース債務の一部を返済」 — 有利子負債の内訳（短期借入金・リース債務）
- 「品質管理・リスク管理等のテクノロジー、データ管理、DX推進、サイバーセキュリティ関連技術、分析機器の保守・保全等」 — 品質管理・リスク管理等の技術、データ管理、DX、サイバーセキュリティ、機器保守等の記載
- 「外貨建の資産・負債・営業債権債務に対し為替リスクが存在する。為替予約取引によるヘッジは実施していないとされる。」 — 為替リスクと為替予約取引を行わない旨
- 「地政学的リスクの影響として、米国の通商政策、中東地域の地政学リスクが挙げられている。国内外経済の不透明感、米国の通商政策・中東情勢等の影響を受け得る旨の言及。」 — 地政学的リスクとしての米国通商政策・中東情勢等の言及
- 「マクロ需要変動リスクとして、景気循環・業界サイクル・技術代替による需要変動、AIの普及による研究開発需要の減少リスク、欧米市場の需要低迷等が記載。」 — マクロ需要変動リスク（景気/技術代替/AI普及/欧米需要低迷等）
- 「配当方針: 中間配当を定款に定め、期末配当・中間配当を実施。剰余金の配当は役員会決議」 — 配当方針（中間配当、期末・中間配当の実施機関）
- 「小規組織リスク（従業員数が小規模で人材流出が事業に影響）や災害リスク（鶴岡本社を中心とした収益基盤の災害リスクと復旧費用・機会損失）・情報漏洩リスク（顧客情報の機密性・サイバーセキュリティの強化が必要）など。」 — 小規模組織・災害・情報漏洩などのリスク概要
- 「小規模組織リスク（従業員数が小規模で人材流出が事業に影響）や災害リスク（鶴岡本社を中心とした収益基盤の災害リスクと復旧費用・機会損失）・情報漏洩リスク（顧客情報の機密性・サイバーセキュリティの強化が必要）など。」 — 小規模組織/災害/情報漏洩リスクの重複言及
- 「サステナビリティ方針として、従業員の専門性・エンゲージメントの向上、ハラスメント研修、Town Hallミーティング、業績連動賞与の明確な配分基準」 — サステナビリティ（従業員の専門性・エンゲージメント/研修/Town Hall/賞与配分基準）
- 「2025年6月期: 1株あたり15円配当」 — 2025年6月期の1株当たり配当
- 「福利厚生の拡充、従業員向け譲渡制限付き株式付与制度の導入（2027年6月期から）」 — 福利厚生拡充としての譲渡制限付き株式付与制度導入の記載